BiUM Blog

Une base de données de plus de 18 millions de références reste un objet rare, même à l’ère Google et il est toujours fascinant d’examiner le développement de Pubmed. La NLM livre ses statistiques en matière de nombre de références dans la base, par exemple dans la page Data, News and Update Information

Mais pour suivre au jour le jour le travail dans Pubmed, et pour pratiquer la syntaxe Pubmed, on peut utiliser les fonctions de recherche avancées qui offrent quelques possibilités intéressantes.
Par exemple en allant dans les limites, on peut chercher par date les références publiées entre 1860 et  2008  (les plus anciennes notices datent actuellement de 1865, trois références d’une revue numérisée dans le cadre du projet Pubmed Central). Avec cette recherche par date, on trouve aujourd’hui 18 millions 054 100 références. 

On retombe sur le même nombre en faisant une requête qui additionne les 5 subsets de la base, à savoir : «Pubmed as supplied by publisher», «Pubmed in process» , «Pubmed indexed for Medline», «Pubmed oldMedline» , «Pubmed», soit en syntaxe Pubmed :
Publisher[sb] OR In-process[sb]  OR Medline[sb] OR Oldmedline[sb] OR pubmednotmedline[sb]

Pour connaître le nombre de références qui ont un lien sur le texte intégral en accès libre, il faut essayer la syntaxe « loattrfree full text »[sb] . Le résultat ce jour est 2 millions 386 470 notices, soit 13% de toutes les références de la base.

En ce 8 mars, quelques remarques sur les femmes médecins. Cette profession se féminise en Suisse, comme ailleurs (ici, et ici…). Quelles conséquences peut-on attendre de cette évolution ? Certainement des effets très divers et parfois surprenants, comme en témoigne la recherche menée à l’Université de Neuchâtel, par une femme, Marianne Schmid Mast, professeure de psychologie du personnel.

Les observations faites dans le cadre de sa recherche tendent à démontrer que les patients attendent d’une femme médecin qu’elle exprime des sentiments et des émotions. Les praticiens masculins jouissent eux d’une plus grande tolérance : qu’ils soient émotifs ou non ne joue pas une influence marquante sur la satisfaction de leur clientèle.

En bref, être compétente sans abandonner certains stéréotypes féminins…

Donc Wiley va racheter Blackwell Publishing. Sur le site universitaire de Lausanne, incluant le CHUV, une étude concernant le volume d’affaire par éditeur (montants  des abonnements annuels) avait donné le classement suivant (par ordre décroissant) : Elsevier, Blackwell, Springer, Wiley, Lippincott. Maintenant Elsevier sera directement talonné par le nouveau groupe (BlackWile ?) qui cependant ne parvient pas à le dépasser. A quand les prochaines alliances…

Joyeux anniversaire pour MEDLINE!!! Après les 25 ans du PC d’IBM et de la souris Logitech, les 15 ans du web et les 8 ans de Google (qui ne sait toujours pas compter!), c’est le tour de la NLM de fêter les 35 ans de MEDLINE en ce mois d’octobre et c’est l’occasion pour nous de faire un petit tour rétrospectif sur cette base de données qui a révolutionné le monde de l’information médicale (et de l’information tout cour), avant et après internet (pour une fois qu’un produit fait par une bibliothèque est dans la cour des grands!).

Pour commencer, un petit rappel historique sur l’origine de cette base, née en 1971 mais en gestation depuis bien avant (traduction et adaptation des extraits d’un message écrit par Karyn Popham à la liste de diffusion de « Reference Manager » le 17.08.04 et de la page historique de la NLM) :

• 1879 : démarrage de l’Index Medicus (au début une simple liste des volumes de la bibliothèque du « Surgeon-General’s Office » dont le catalogue a été numérisé et est disponnible en ligne depuis 2004 sur http://indexcat.nlm.nih.gov/)
• 1922 : la bibliothèque du Surgeon’s-Genral’s Office devient la bibliothèque médicale de l’armée américaine (Army Medical Library)
• 1956 : la Army Medical Library devient une institution du service de santé publique et est rénomée « National Library of Medecine«  (NLM). Les volumes de l’Index Medicus commencent alors à être écrits à l’ordinateur (à cette époque ils ont eu la bonne intuition de penser que si les documents étaient écrits à l’ordinateur ils pourraient devenir une base de données et donc ils seraient recherchables électroniquement)
• 1964 : cette intuition « visionnaire » devient réalité, la NLM lance MEDLARS, « Medical Literature Analysis and Retrieval System ». Pendant quelques années on pouvait envoyer une recherche par courrier et recevoir ensuite par la poste la réponse de l’ordinateur imprimée. Magique!
• 1971 : la NLM annonce le lancement du service MEDLARS On-line, en test depuis 1970, dans le « NLM technical bulletin« , no 30 p. 5, 1971 (attention gros fichier pdf de 206 pages, cette nouvelle se trouve dans la page 29 du fichier pdf), et appelé… MEDLINE !!! Les recherches pouvaient alors se faire par modem directement, à partir d’un teletype dédié (système « AIM-TWX » pour « Abridged Index Medicus via the Teletypewriter Exchange Network » développé par la NLM) et qu’on pouvait louer par 65$ par mois, sur l’ensemble des données fusionnés à partir de 1966 et qui avaient même des « abstracts« !.

Depuis 1971 beaucoup des choses ont changé, pour preuve, ce petit aperçu avec quelques chiffres données par la NLM sur l’évolution de la base depuis sa naissance en 1971 à aujourd’hui (traduction maison) :

*(statistiques obtenues dans la période octobre 2004-septembre 2005)

Entre ce deux dates il y a eu aussi quelques moments importants :

• Années 80-90 : distributions de MEDLINE par des tiers comme OVID, d’abord distributions par CD-ROM et ensuite par telnet (voir aussi le billet sur l’histoire de l’accès à MEDLINE et les autres bases de données à l’UNIL)
• 1986 : Lancement du logiciel « Grateful Med » pour PC, pour un accès convivial et graphique à MEDLARS
• 1997 : le 26 juin, l’administration de Bill Clinton annonce que MEDLINE sera accessible publiquement et gratuitement sur le WWW. C’est le début de PubMed, « Public access to the Medical Literature Analysis and Retrieval System On-Line ». PubMed n’est pas MEDLINE, elle est l’interface publique de consultation de MEDLINE mais aussi de toute une serie des références non indéxées et des bases de données parallèles comme OLDMEDLINE.
• 2004 : La NLM décide d’arrêter la publication de l’Index Medicus en format papier. En juin 2004, la saisie manuelle des références est aussi arrêtée. L’introduction des références par numérisation puis OCR et surtout à partir des fichiers XML fournis par les éditeurs, remplacent la saisie au clavier (en 1999 le nombre de références ajoutées manuellement était de 198′000, par OCR 151′000 et par XML directement de l’éditeur, 104′000. En 2005 ces chiffres sont passés à 0 saisies manuellement, 152′000 par OCR et 487′000 par XML)

Pour situer cette évolution en 35 ans, voici aussi quelques faits marquants de l’actualité dans ce deux années (j’ai repris et corrigé une partie des informations données par la NLM et ajouté d’autres qui m’ont semblé plus intéressantes)

Cette annonce tombe aussi peu après qu’une bibliothécaire médicale ait fait un autre tableau comparatif sur ce qui a change dans sa pratique en 30 ans :

30 Years of Information and Educational Change : How should our practice respond?

(Là je fatigue alors si quelqu’un se propose pour faire la traduction / interprétation du tableau, les commentaires sont ouverts!)