Migration Reference Manager -> EndNote

Cette marche à suivre est basée sur la documentation donnée sur le site de EndNote et accessible à l'adresse : http://www.endnote.com/support/faqs/Import/faq4.asp. Après avoir fait de nombreux tests, nous avons amélioré la marche à suivre et modifié le filtre d'importation proposé par EndNote.

La conversion des bases Reference Manager 12 vers EndNote X4 n'est malheureusement pas automatique et il y a plusieurs méthodes pour transférer correctement les références d'un logiciel à l'autre selon les besoins et le type des documents gérés ainsi que le contenu de la base.

Dans tous les cas de figure la méthode d'export de la base Reference Manager est toujours la même : export complet de la base en format RIS. Pour cela il faut ouvrir la base avec Reference Manager, aller dans le menu “File” et cliquer sur “Export…” Sur la fenêtre qui s'ouvre, choisissez le nom du fichier et le dossier sur lequel l'enregistrer avec le bouton qui ”…” ; Il faut également cocher “RIS” comme format d'export et “All references in list” pour tout exporter :

Une fois que vous validez le choix avec le bouton “Export” la base sera exportée dans le fichier txt que vous avez spécifié dans le champ “File name” du haut.

Il y a trois question importantes à prendre en compte pour déterminer la méthode d'importation à utiliser :

• La base Reference Manager est-elle liée à un document Word qui pourrait nécessiter de changements futurs?
• La base Reference Manager contient des documents attachés (fichiers PDF, etc.)?
• La base Reference Manager contient des caractères accentués ou des DOIs?

Si la réponse à ces trois questions est “Non” alors la méthode d'importation est simple, il suffit de créer une nouvelle base de données vide sur EndNote (aller dans “File” → “New…” puis enregistrer la nouvelle base dans un dossier de votre machine) puis aller dans le menu “File” → “Import” → “File…” puis dans la fenêtre d'import choisir le fichier txt exporté dans l'étape précédente à l'aide du bouton “Choose…”, choisir l'option “Reference Manager (RIS)” dans le ménu déroulant “Import Option” et laisser les autres options par défaut (“Import All” et “No tranlation”) :

Si la base de données contient de caractères accentués ils seront mal importés par cette méthode. Par contre ils seront bien importés si l'on choisit “Western (IBM-850)“ comme codage dans le menu déroulant “Text Translation” dans la fenêtre d'import au lieu de “No tranlation” qui vient par défaut :

Si la base Reference Manager contient des documents attachés (fichiers PDF, etc. les références avec des fichiers attachés ont un icône dans la liste) le filtre “Reference Manager (RIS)” par défaut importe mal les liens vers ce fichiers car ils sont envoyés dans le champ URL de EndNote. Également, si le champ DOI a été exploité dans la base, le filtre par défaut importe ces informations dans le champ “type of work” de EndNote ce qui est problématique.

Pour palier à ce problème et corriger les erreurs d'import il faut utiliser le filtre “RefMan RIS migration.enf” que vous pouvez télécharger ici :

http://www.chuv.ch/bdfm/RefMan%20RIS%20migration.enf

Pour pouvoir utiliser ce filtre il faut l'enregistrer dans le dossier de filtres de EndNote de votre poste. Par défaut c'est le dossier “C:\Program Files\EndNote X4\Filters\”.

Si votre base contient des fichiers attachés, vous pouvez importer le fichier txt en format RIS (et avec le codage “Western (IBM-850)” si il y a des caractères accentués) et les liens vers les fichiers attachés sont importés dans le bon champ “File attachements” ce qui permet de les ouvrir normalement depuis EndNote. :

Attention : à l'importation EndNote ne fait pas de copie de ces fichiers attachés dans le dossier ”.data” qui accompagne la base. Ces liens pointent vers le dossier original utilisé par Reference Manager qui est normalement “C:\Documents and Settings\All Users\Documents\Reference Manager 12\Attachments\” ou un autre si vous aviez choisit dans les préférences de Reference Manager de ne pas copier les fichiers dans ce dossier

Si la base de données Reference Manager a été utilisé pour générer la bibliographie d'un ou plusieurs documents Word, et que vous aimeriez pouvoir les modifier dans le futur avec la base de données migrée sur EndNote, alors il vous faut modifier le fichier txt généré à l'étape 1 avant de l'importer avec EndNote. En effet les références insérées sur le document Word pointent vers les références sur Reference Manager grace à un identifiant qui est le numéro unique apelé “Ref ID” attribué à chaque référence de la base par le logiciel. Le problème est que, au moment de l'importation, EndNote attribue de nouveau ces identifiants selon l'ordre des références dans le fichier txt. Pour que les mêmes identifiants soient attribués par EndNote il faut donc que les références soient triés selon l'ordre croissant des “Ref ID” de Reference Manager et que les éventuels trous dans la numérotation (si des références ont été supprimés dans la base Reference Manager par le passé) soient comblés pour éviter des décalages. Ce deux actions peuvent être réalisées en utilisant un petit programme fourni par EndNote et téléchargeable à l'adresse :

http://www.endnote.com/support/faqs/Files/RIS_SORT.zip

Une fois le fichier “RIS_Sort.zip” téléchargé, il faut le décompresser. Si vous utilisez Windows XP ou Windows Vista, vous pouvez le faire en cliquant deux fois sur le fichier et glisser alors le dossier “RIS_Sort” dans un emplacement de votre disque dur.

Une fois que le dossier a été décompressé et copié dans votre disque, ouvrez-le et cliquez deux fois sur le fichier “RIS_Sort.exe”. Sélectionnez le fichier txt généré à l'étape 1 avec le bouton “Browse” et cliquez sur le bouton “Run”. Une fois le traitement réalisé validez avec “Done” puis cliquez sur le bouton “Exit” :

Si tout s'est bien passé vous devrez trouver un fichier txt dans le même dossier et qui a le même nom mais terminé par ”-SORTED”. Par exemple :

Ce nouveau fichier doit être utilisé pour importer les références sur EndNote selon la méthode décrite plus haut (en utilisant le filtre modifié si il y a des fichiers attachés et le codage “Western (IBM-850)” si il y a des caractères accentués). Si la base Reference Manager contenait des trous dans la numérotation ils auront été remplacés par de références “bidon” qui doivent être supprimées avec EndNote une fois l'import terminé. Ces références portent le titre “PLACE HOLDER DELETE” et peuvent être supprimé facilement en faisant un tri par titre.

Une fois que les références de votre base EndNote ont les mêmes identifiants que sur Reference Manager, il faut transformer les citations sur le texte Word dans le format reconnaissable par EndNote. En effet, le format temporaire des citations de Reference Manager a la forme {Auteur, année Ref ID/id} tandis que pour EndNote c'est {Auteur, année #RefID}.

Le conversion d'un format à l'autre peut-être faite en utilisant un style spéciale “RefMan to EndNote CHUV.os” que nous avons préparé à partir du style “RefMan to EndNote.os” fourni par EndNote dans le dossier “RIS_Sort.zip” mais qui pose problème polur la réconnaissance des références sans auteurs. Vous pouvez le télécharger directement ici :

http://www.chuv.ch/bdfm/RefMan%20to%20EndNote%20CHUV.os

Pour pouvoir l'utiliser il faut copier ce fichier “RefMan to EndNote CHUV.os” dans le dossier des styles de Reference Manager de votre poste, normalement c'est le dossier :“C:\Documents and Settings\All Users\Documents\Reference Manager 12\Styles\”.

Une fois le style en place, faites une sauvegarde de votre document Word au cas où et générez la bibliographie depuis l'onglet Reference Manger 12 en choisissant le style “RefMan to EndNote CHUV.os” dans le menu déroulant (“select another style…”) en en cliquant sur le bouton “Generate Bibliography”. Ce style doit afficher les citations dans le format reconnaissable par EndNote et il ne reste qu'à supprimer les codes pour que le fichier soit prêt pour EndNote. Pour cela il faut utiliser le menu “Convert Citations and Bibliography” et choisir l'option “Convert to Plain Text” (dans Word 2000 le bouton s'appelle “Remove Field Codes”) :

Ensuite cliquez sur le bouton “Continuer” dans la fenêtre d'avertissement :

Enregistrez le fichier avec un nouveau nom et le tour est joué, vous pouvez alors utiliser l'onglet de EndNote pour générer la bibliographie.

1) Les noms des collectivités sont mal importés par EndNote. Par exemple “World Health Organization” est mal importé car EndNote reconnait les noms des collectivités si ils terminent par une virgule uniquement. Pour résoudre ce problème le plus simple est d'ouvrir le fichier de export en format RIS généré par Reference Manager et faire un remplacement du nom par le nom terminé par un virgule. Par exemple, rechercher toutes les occurrences de la chaîne “A1 - World Health Organization” et les remplacer par “A1 - World Health Organization,” (répéter le remplacement pour tous les champs de type auteur “AU”, “A1” et “A2”)

2) Les champ “Notes” n'est pas importé complètement quand il contient des sauts de ligne et des étiquettes en provenance de PubMed ou d'une autre base de données. En effet ces étiquettes sont mal interprétées par EndNote qui les ignore à l'importation. Pour corriger l'erreur il faut corriger le fichier txt en format RIS avant l'importation pour remplacer les sauts de ligne de ce champ de Notes par un séparateur comme par exemple ” ; ”. Ce remplacement peut être fait de manière automatique en utilisant le logiciel libre “Notepad++“ qui est disponible à cet adresse : http://notepad-plus-plus.org/ et qui peut aussi être installé sur les postes standards du CHUV depuis le “TeleShop” (http://teleshop/ depuis l'intranet)

Ce logiciel permet de distinguer entre les saut de ligne (LF \n) et les retours chariot(CR \r) et cela est très utile car sous Windows, dans le fichier RIS les lignes sont séparés par CR/LF (\r\n) mais pour le champ de notes les lignes sont séparés par des CR seulement (\r). Avec Notepad++ on peut faire les 3 remplacements suivants pour corriger le problème (Menu “Recherche” puis “Remplacer…” et cocher “Mode étendu”) :

1. Remplacer “\r\n” par “$$$”
2. Remplacer “\r” par ” ; ”
3. Remplacer “$$$” par “\r\n”

Ensuite enregsitrez le fichier txt avec un autre nom (par securité) et vous pouvez l'importer en suivant les conseils donnés plus haut

3) Les caractères accentués sont mal importés avec le codage “Western (IBM-850)“. A la bibliothèque de Psychiatrie (BPUL) ils ont constaté des cas où les accents n'étaient pas bien importés avec ce codage mais correctement avec les 3 codages “Western (Windows-1252)”, “Western European (ISO-8859-1)” ou “Western European (ISO-8859-15)”. Il existe aussi une méthode pour corriger le mauvais codage du fichier RIS, à l'aide du logiciel Word (http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=les_caracteres_accentues_sont_mal_codes_dans_l_export_ris_de_reference_manager) ou avec Notepad++ en utilisant le ménu “Encodage” → “codage de caractères” puis choisir le groupe “langues d'Europe occidenatle” et le codage “OEM 850”. Ensuite il faut copier tout le contenu du fichier, ouvrir un nouveau fichier au codage “ANSI” et coller dedans le contenu. Ce nouveau fichier peut alors être importé dans EndNote sans devoir faire de conversion de codage (“No translation”)

4) La conversion des citations faites avec Reference Manager au format EndNote via le style “RefMan to EndNote.os” ou “RefMan to EndNote CHUV.os” pose de problèmes car Reference Manager plante ou n'arrive pas à trouver les références au moment de régénérer la bibliographie. Dans ce cas, au lieu d'utiliser le style de Reference Manager, vous pouvez déformater la bibliographie à l'aide du bouton “Convert Citations and Bibliography” de la barre d'outils Reference Manager sur Word, puis choisir l'option “Convert to Unformated Citations”. Cela fera apparaître toutes les citations dans le format {Auteur, année RefID/id}. Ensuite il faut utiliser un rechercher / remplacer dans Word avec les options suivantes :

Chercher “ ([0-9]@) \/id” et remplacer par : “ #\1” (sans les guillemets mais respectez les espaces) sans oublier de cocher la case “utiliser les caractères génériques”

Pour convertir les références qui n'ont pas d'auteur et les transformer au format EndNote {, [année] #[id]} au lieu de {[année] #[id]} il faut faire un deuxième remplacement dans Word :

Chercher “\{([0-9]@) #([0-9]@)\}” et remplacer par “{, \1 #\2}” (sans les guillemets et sans oublier de cocher la case “utiliser les caractères génériques”)

Si tout marche bien les citations auront été transformés au format réconnu par EndNote {Auteur, année #RefID} et vous pouvez alors utiliser la barre d'outils de EndNote pour générer la bibliographie. Malheureusement pour les références dont le premier auteur contient des parenthèses (par exemple “World Health Organization (WHO)”) EndNote ne trouvera pas la bonne référence automatiquement et il faudra la chercher et la valider manuellement la première fois. Une fois le lien établi entre le document et la base EndNote tout marche bien, l'actualisation de la bibliographie ou les changements de style se font sans problème.

5) L'export en format RIS fait perdre le style appliqué dans les titres (italique, gras, souligné, exposant, etc.) : Pour éviter cette perte d'information il faut utiliser l'export de la base en format XML. Malheureusement le format XML de Reference Manager est légèrement différent de celui de EndNote et si on veut tout récupérer correctement il faut retravailler le fichier XML avant de l'importer en faisant ces 5 remplacements à l'aide d'un logiciel de traitement de texte comme “Notepad++“ qui est disponible à l'adresse http://notepad-plus-plus.org/ et qui peut aussi être installé sur les postes standards du CHUV depuis le “TeleShop” (http://teleshop/ depuis l'intranet) :

1. Remplacer le texte ”<author><style face=“normal” font=“default”> ” par ”<author><style face=“normal” font=“default”>”
2. Remplacer le texte ”<keyword><style face=“normal” font=“default”> ” par ”<keyword><style face=“normal” font=“default”>”
3. Remplacer l'expression régulière ”>([1-2][0-9][0-9][0-9])[0-9\/]+</year>” par ”>\1</year>”
4. Remplacer le texte ”<misc3>” par ”<electronic-resource-num>”
5. Remplacer le texte ”</misc3>” par ”</electronic-resource-num>”

Ensuite le fichier XML peut être sauvegardé et importé avec EndNote en utilisant le filtre “EndNote Generated XML“. Il peut y avoir encore des champs à nettoyer (le DOI est importé aussi dans le champ “Type of Work” par exemple) mais le formatage du texte est importé correctement et les passages en italique, gras, etc. sont conservés.

La grande désavantage de cette méthode est que l'on ne peut pas rétablir la numérotation originale de la base Reference Manager via le petit programme fourni par l'éditeur du logiciel car il est prévu pour traiter les fichiers en format RIS.

6) Les fichiers attachés ne sont pas liés dans la nouvelle base

Si ces liens posent problème ou si vous voulez regrouper les fichiers dans le dossier ”.Data” de EndNote pour avoir une gestion homogène des PDFs, il faut faire quelque modifications au fichier RIS exporté par Reference Manager avant de l'importer avec EndNote :

• Ouvrir le fichier RIS à l'aide de Notepad++ et remplacer le préfix “file://(.*)\\” par “internal-pdf://REFMAN/” (cochez “Expression régulière”)
• Importer le fichier RIS
• Attacher un premier PDF à une référence de votre base pour que EndNote créé le dossier des PDFs automatiquement
• Fermer EndNote er créer un dossier “REFMAN” à l'intérieur du dossier “PDF” qui a dû été créé dans le dossier ”.Data” qui accompagne la base
• Regrouper tous les PDFs sans arborescences dans un même dossier. Si vous avez créé des dossiers et sous dossiers, vous pouvez regrouper tous les PDFs avec une recherche par type de fichier (sous windows cliquez avec le bouton droit sur le disque C: ou sur le dossier dans lequel vous avez placé vos PDFs et cliquer sur “Options Avancées” pour pouvoir cherche par type de document “Adobe Acrobat Document”). Une fois la recherche terminée sélectionner tous les documents et les copier dans le dossier “REFMAN” créé au point précédent
• Ouvrir la base EndNote et vérifier si les liens fonctionnent correctement

Pour toute qustion concernant cette marche à suivre ou sur la migration de Reference Manager à EndNote vous pouvez me contacter par e-mail :

Pablo Iriarte

pablo.iriarte@chuv.ch